內部控制審計與財務報表審計的區別
　　內部控制審計是對內部控制的有效性發表審計意見，并對內部控制審計過程中注意到的非財務報告內部控制重大缺陷進行披露；財務報表審計是對財務報表是否在所有重大方面按照適用的財務報告編制基礎編制發表審計意見。雖然內部控制審計和財務報表審計存在多方面的共同點，但財務報表審計是對財務報表進行審計，重在審計“結果”，而內部控制審計是對保證財務報表質量的內部控制的有效性進行審計，重在審計“過程”。發表審計意見的對象不同，使得兩者存在區別，例如：
　　（一）對內部控制進行了解和測試的目的不同
　　在財務報表審計和內部控制審計中，注冊會計師都需要了解與審計相關的內部控制，并都可能涉及測試相關內部控制運行的有效性，但兩者目的不同。注冊會計師在財務報表審計中了解和測試內部控制，是為了識別、評估和應對重大錯報風險，據此確定實質性程序的性質、時間安排和范圍，并獲取與財務報表是否在所有重大方面按照適用的財務報告編制基礎編制相關的審計證據，以支持對財務報表發表的審計意見；注冊會計師在內部控制審計中了解和測試內部控制，是為了對內部控制的有效性發表審計意見。
　　（二）測試內部控制運行有效性的范圍要求不同
　　在財務報表審計中，針對評估的認定層次重大錯報風險，注冊會計師可能選擇采用實質性方案或綜合性方案。如果采用實質性方案，注冊會計師可以不測試內部控制的運行有效性；如果采用綜合性方案，注冊會計師綜合運用控制測試和實質性程序，因而需要測試內部控制的運行有效性。根據《中國注冊會計師審計準則第1231號——針對評估的重大錯報風險采取的應對措施》的相關規定，當存在下列情形之一時，注冊會計師應當設計和實施控制測試，針對相關控制運行的有效性，獲取充分、適當的審計證據：
　　（1）在評估認定層次重大錯報風險時，預期控制的運行是有效的（即在確定實質性程序的性質、時間安排和范圍時，注冊會計師擬信賴控制運行的有效性）；
　　（2）僅實施實質性程序并不能夠提供認定層次充分、適當的審計證據。
　　也就是說，如果以上兩種情況均不存在，注冊會計師可能對部分認定，甚至全部認定都不測試內部控制的運行有效性。
　　在內部控制審計中，注冊會計師應當針對所有重要賬戶和列報的每一個相關認定獲取控制設計和運行有效性的審計證據，以便對內部控制整體的有效性發表審計意見。
　　（三）內部控制測試的期間要求不同
　　首先，在財務報表審計中，針對評估的認定層次重大錯報風險，如果注冊會計師選擇綜合性方案，需要獲取內部控制在整個擬信賴期間運行有效的審計證據，而在內部控制審計中，注冊會計師對于基準日的內部控制運行有效性發表意見，則僅需要對內部控制在基準日前足夠長的時間（可能短于整個審計期間）內的運行有效性獲取審計證據。
　　其次，盡管連續審計時注冊會計師在財務報表審計和內部控制審計中都可以考慮以前審計中所了解和測試的情況，但在執行內部控制審計時，注冊會計師不得采用《中國注冊會計師審計準則第1231號——針對評估的重大錯報風險采取的應對措施》第十四條中提及的“每三年至少對控制測試一次”的方法，而應當在每一年度審計中測試內部控制（對自動化應用控制在滿足特定條件情況下所采用的與基準相比較策略除外）。
　　（四）對控制缺陷的評價和溝通要求不同
　　在內部控制審計中，注冊會計師應當評價識別出的內部控制缺陷是否構成一般缺陷、重要缺陷或重大缺陷。在財務報表審計中，注冊會計師需要確定識別出的內部控制缺陷單獨或連同其他缺陷是否構成值得關注的內部控制缺陷。
　　相應地，兩者的溝通要求存在不同。在財務報表審計中：
　　1．注冊會計師應當以書面形式及時向治理層通報值得關注的內部控制缺陷，致送書面溝通文件的時間可能根據注冊會計師對治理層履行監督責任需要的考慮確定（對于上市實體，治理層可能需要在批準財務報表前收到注冊會計師的溝通文件；對于其他實體，注冊會計師可能會在較晚日期致送書面溝通文件，但需要滿足完成最終審計檔案的歸檔要求）。
　　2．注冊會計師還應當及時向相應層級的管理層通報：
　　（1）已向或擬向治理層通報的值得關注的內部控制缺陷，除非在具體情況下不適合直接向管理層通報。此項應采用書面方式通報。
　　（2）在審計過程中識別出的、其他方未向管理層通報而注冊會計師根據職業判斷認為足夠重要從而值得管理層關注的內部控制其他缺陷。此項對溝通形式沒有強制要求，可以采用書面或口頭形式。
　　在內部控制審計中：
　　對于重大缺陷和重要缺陷，注冊會計師應當以書面形式與管理層和治理層溝通，書面溝通應在注冊會計師出具內部控制審計報告前進行；如果注冊會計師認為審計委員會和內部審計機構對內部控制的監督無效，應當就此以書面形式直接與董事會溝通。此外，注冊會計師應當以書面形式與管理層溝通其在審計過程中識別的所有其他內部控制缺陷（包括注意到的非財務報告內部控制缺陷），并在溝通完成后告知治理層。
　　（五）審計報告的形式和內容以及所包括的意見類型不同
　　內部控制審計報告的形式和內容不同于財務報表審計報告。注冊會計師應當分別按照中國注冊會計師審計準則和《企業內部控制審計指引》及《企業內部控制審計指引實施意見》的相關規定，出具財務報表審計報告和內部控制審計報告。此外，內部控制審計報告不存在保留意見的意見類型，如果內部控制存在一項或多項重大缺陷，除非審計范圍受到限制，注冊會計師應當對內部控制發表否定意見；如果審計范圍受到限制，注冊會計師應當解除業務約定或出具無法表示意見的內部控制審計報告。