企業實行“營改增”后，與原營業稅會計核算不同的是，增值稅屬于價外稅，即無論是銷售商品、提供勞務收到的銷項稅額還是購進商品、接受勞務支付的進項稅額，都必須在銷售價款之外單獨核算。這種價外稅的會計核算方法可以根據企業增值稅業務的繁簡區分3種方法，即，簡易核算法、二級賬戶核算法和三級賬戶核算法。其中，三級賬戶核算法更適用于增值稅業務多且項目比較復雜的大中型企業一般納稅人。

　　三級賬戶核算法，是指增值稅核算在“應交稅費”總賬(一級)科目下設置“應交增值稅”、“未交增值稅”、“增值稅檢查調整”和“抵扣進項稅額”等二級明細科目，分別核算應交增值稅、未交增值稅、增值稅檢查調整和抵扣進項稅額等。

　　在“應交增值稅”二級科目下再設置“進項稅額”、“已交稅金”、“減免稅款”、“出口抵減內銷產品應納稅額”、“轉出未交增值稅”、“銷項稅額”、“出口退額”、“進項稅額轉出”、“轉出多交增值稅”等科目。

　　三級明細科目核算方法適用于增值稅業務多且項目比較復雜的大中型企業一般納稅人。其賬簿格式應采用多欄式明細賬。在這種方法下，各二級科目的核算內容為以下4點。

　　第一，“應交增值稅”二級科目，借方記錄企業購進貨物或接受勞務支付的進項稅額、已交增值稅、減免稅款、出口抵減內銷產品應納稅額和月未轉出當月應交未交增值稅;貸方記錄企業銷售貨物或提供勞務收到的銷項稅額、出口退稅、進項稅額轉出和月未轉出多交增值稅;期末借方余額，反映企業尚未抵扣的增值稅。

　　第二，“未交增值稅”二級科目，借方記錄企業月末時轉入的多交的增值稅;貸方記錄企業月末時轉入的當月應交未交增值稅;期末借方余額反映多交的增值稅，貸方余額反映未交的增值稅。

　　第三，“增值稅檢查調整”二級科目，是根據國家稅務總局《增值稅日常檢查辦法》的規定，一般納稅人在稅務機關對其增值稅納稅情況檢查后涉及增值稅賬務調整而設置的專門科目。

　　檢查后，按應調減的進項稅額或調增銷項稅額、進項稅額轉出的金額，借記有關科目，貸記應交稅費——增值稅檢查調整;按應調增的進項稅額或調減銷項稅額、進項稅額轉出的金額，借記應交稅費——增值稅檢查調整，貸記有關科目;全部調賬事項完成后，應結出該賬戶的余額并分別四種不同情況進行處理。

　　余額在借方時，應全部視同留抵進項稅額，轉到“應交稅費——應交增值稅(進項稅額)”科目。

　　余額在貸方，且“應交稅費——應交增值稅”無余額時，應全額結轉到“應交稅費——未交增值稅”科目。

　　若該科目余額在貸方，“應交稅費——應交增值稅”科目有借方余額且多于該貸方余額時，將該科目貸方余額全部轉到“應交稅費——應交增值稅(銷項稅額)”科目。

　　若該科目余額在貸方，“應交稅費——應交增值稅”科目有借方余額但小于這個貸方余額，應將該貸方余額先沖轉“應交稅費——應交增值稅”科目，剩余部分再轉入“應交稅費——未交增值稅”科目。

　　第四，“待抵扣進項稅額”二級科目，是“營改增”一般納稅人在輔導期內所設置的專用科目。該科目用于核算輔導期一般納稅人取得尚未進行交叉稽核比對的已認證專用發票抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書、廢舊物資普通發票以及貨物運輸發票等的進項稅額。具體會計處理如下：

　　在輔導期一般納稅人取得規定扣稅憑證時：

　　借：應交稅費——待折扣進行稅額

　　貸：有關科目

　　在經過交叉稽核比對無誤后：

　　借：應交稅費——應交增值稅(進項稅額)

　　貸：應交稅費——待折扣進項稅額

　　經核實不得抵扣進項稅額時，用紅字編制一張沖銷憑證：

　　借：應交稅費——待折扣進項稅額

　　貸：相關科目

　　一般納稅人應在“應交稅費——應交增值稅”二級科目下設置“進項稅額”、“已交稅金”、“減免稅款”、“出口抵減內銷產品應納稅額”、“轉出未交增值稅”、“銷項稅額”、“出口退額”、“進項稅額轉出”和“轉出多交增值稅”等三級科目，用于分別核算進項稅額、已交稅金、減免稅款、出口抵減內銷產品應納稅額、轉出未交增值稅、銷項稅額、出口退額、進項稅額轉出、轉出多交增值稅等業務的發生情況。