為了彌補經費不足，經主管部門批準，事業單位除完成專業任務外可以組織經營活動。有些單位在開展經營活動之前還要領取營業執照、辦理稅務登記證等。會計部門必須按照新的《事業單位財務規則》、《事業單位會計準則》和《事業單位會計制度》對經營活動單獨設立賬戶進行管理和核算。

　　經營活動的管理
　　事業單位進行經營活動，年初應編制財務收支計劃并列入部門預算;按照權責發生制原則組織收支的確認與核算;要嚴格區分經營支出與事業支出的界限，既不能把應列入事業支出的項目列入經營支出，也不能把應列入經營支出的項目列入事業支出;對外提供商品產品的事業單位可根據需要設置專門的賬戶對其進行內部成本核算;凡從事銷售和進口貨物，提供加工、修理修配勞務的事業單位還應計算繳納增值稅，并按照稅法的規定計算繳納所得稅等。

　　經營收入的核算
　　經營收入是事業單位在專業業務活動及其輔助活動之外開展非獨立核算經營活動取得的收入。在會計核算時必須明確兩點：一是，經營活動的收入而 非專業活動收入，取得時不得計入“事業收入”。二是，組織收入的是附屬的非獨立核算單位，而不是獨立核算單位。“非獨立核算”是相對于“獨立核算”而言的，獨立核算應同時具備三個條件，即在管理上有獨立的組織形式，具有一定數量的資金，且在當地銀行開戶;獨立進行經營活動，并能同其他單位單獨訂立經濟合同;獨立計算盈虧。顯然，經營收入不是獨立核算單位獲取的收入，而是由事業單位對社會提供服務取得的由單位集中核算的收入，支出亦然。經營收入的賬務處理如下：

    1.對外銷售貨物或提供勞務時：
   (1)一般納稅人的事業單位
   借：銀行存款、應收賬款等
   貸：經營收入—— —×××應交稅費—— —應交增值稅(銷項稅額)
   我國從2009年1月1日起 實行消費型增值稅;增值稅一般納稅人采用“稅款抵扣法”計算應納稅額，即：一般納稅人應納增值稅=當期銷項稅額-當期進項稅額-上期尚未抵扣的進項稅額。另外，為了正確核算增值稅，一般納稅人的事業單位應在“應交稅費”一級科目下設“應交增值稅”二級科目，再在“應交增值稅”下至少設置“銷項稅額”、“進項稅額”、“進項稅額轉出”和“已交稅金”等四個三級科目。其中，當購進的非自用材料發生盤虧、毀損、報廢、對外捐贈、無償調出等稅法規定不得抵扣進項稅額的情況時，應計入“進項稅額轉出”明細賬。