同紙質商業匯票一樣，電子商業匯票也會在企業間來回傳遞，只不過是采用的不是實物的傳遞，而是電子數據的交互。那么它的流程是怎樣的呢？

首先背書人要登陸網上銀行，錄入背書申請信息，背書信息包括票據信息，背書人信息、被背書人信息，使用背書人的數字證書加蓋電子簽名。之后背書人的開戶行或開戶財務公司審核背書人的電子簽名，核驗通過后組成申請報文加蓋本行（公司）的電子簽名，發給電子商業匯票系統。進入電子商業匯票系統后，系統會檢查開戶行、開戶財務公司電子簽名是否準確、有效、 背書人是否是票據的持有人，并將申請報文特發至被背書人開戶行、開戶財務心司。在被背書人開戶行、開戶財務公司核驗報文的有效性（含電子簽名）后，會將該申請信息通知或展示給被背書人。

如果被背書人簽收或者駁回該背書申請，都要加蓋自己的電子簽名。被背書人開戶行或開戶財務公司要核驗被背書人電子簽名的有效性，核驗通過后組成回復報文并加蓋本行（公司）的電于簽名，將回復報文發往電子商業匯票系統。電子商業匯票系統在核驗簽收報文的有效性后，如果為簽收的回復報文，那么將票據所有人修改為被背書人，并通知背書人開戶行或開戶財務公司。如果為駁回的回復報文，那么將駁回回復通知背書人開戶行或開戶財務心司。之后背書人開戶行或開戶財務公司通知背書人。在背書申請已發送至被背書人時，背書人可撤銷背書申請，被背書人可回復（簽收或駁回）背書申請。此時，系統按照時間優先的原則進行理。如果背書人先撤銷背書申請，則該背書申請已撤銷，被背書人不能再進行背書回復操作。如果被背書人先發起背書回復，則該背書中請按照被背書人的意思已簽收或駁回，背書人不能再撤銷該背書申請。