相較于紙質商業匯票，電子商業匯票是比較有優勢的。例如紙質商業匯票的最長付款期限是不得超過6個月，而電子商業匯票的最長付款期限則延長至了1年。對于企業來說，它們可以通過網上銀行完成電子商業匯票的簽發、背書轉讓等各項票據行為，足不出戶就可以與全國各地的交易合作伙伴完成交易，省卻路途奔波，減少財務成本。使用電子商業匯票，通過網上銀行即可發起提示付款，無須進行委托收款，不必擔心因郵寄導致票據丟失或超過提示付款期，逾期票據也不必長途跋涉當面提示付款。

還有最重要的一點，紙質承兌匯票最讓財務頭疼的一點就是長長的背書。背書越長出錯的概率就越大，曾經見過一張最夸張的承兌匯票，轉了十幾手，背書拉開有一米多長。而電子商業匯票從根本上避免了背書不連續的現象的產生，減少了票據兌付過程中可能產生的糾紛。使用電子商業匯票，企業能夠全程跟蹤票據業務辦理的各個環節，對票據業務進行實時監測和匯總統計，提高企業的票據管理水平，防范票據業務風險。

在安全性上，電子商業匯票更是領先于紙質票據。電子商業匯票在電子商業匯票系統集中登記處理，保證了票據的唯一性和安全性，可以杜絕克隆票、假票、票據丟失、票據污漬等造成昀損失。系統上，電子商業匯票系統采用《中華人民共和國電子簽名法》認可的電子簽名機制替代紙質簽章，提高了簽名的準確性，避免了偽造公章或專用章等造成的損失。系統限制只有票據權利人才有權對票據進行操作，并且會對每次票據行為的權利人進行合法性檢查和驗證。使得安全性大大的提高。