空頭支票的行政處罰操作流程如下：

　　一﹑調查取證

　　銀行發現出票人有簽發空頭支票行為的，應立即填制《空頭支票報告書》（以下簡稱《報告書》），將支票和其他足以證明出票人違規簽發空頭支票的資料復印并簽章后作《報告書》附件，于當日至遲次日（節假日順延）報送當地人民銀行分支行支付結算管理部門（以下簡稱人民銀行）。人民銀行收到《報告書》之日起3個工作日內進行核實，并作出是否進行行政處罰的決定。

　　簽發空頭支票事實清楚﹑證據確鑿的，應作出行政處罰。行政處罰決定由主管行長授權支付結算管理部門負責人批準。作出行政處罰決定后，應編制《中國人民銀行行政處罰意見告知書》（以下簡稱《告知書》），并連同擬處罰決定一并通知舉報行。簽發空頭支票事實不清﹑證據不足的，應提出糾正意見，將材料退回舉報行。

　　二﹑告知

　　銀行應在收到人民銀行作出的擬處罰決定和《告知書》之日起5個工作日內，填寫《告知書》中出票人名稱﹑違規事實等有關內容，并送達出票人。送達情況應在當日至遲次日（節假日順延）報告人民銀行。

　　三﹑決定

　　人民銀行在銀行送達《告知書》之日起5個工作日內，未收到出票人陳述或申辯的書面材料的，或在對當事人提出的陳述或申辯意見復核后不予采納的，應編制《中國人民銀行行政處罰決定書》（以下簡稱《決定書》），并通知銀行。對于擬進行重大行政處罰決定的，出票人在收到《告知書》3日內，要求聽證的，人民銀行應組織聽證。

　　四﹑罰款繳納

　　罰款代收機構應根據《決定書》決定的罰款金額收取罰款。對逾期繳納罰款的出票人，人民銀行可按每日按罰款數額的3%加處罰款，或填寫《中國人民銀行強制執行申請書》，向人民法院申請強制執行。代收機構應于每季終了后3日內，將上季代收并繳入中央國庫的各項罰款匯總，填制《空頭支票罰款收入匯總表》，分送財政部駐各地財政監察專員辦事機構和作出行政處罰決定的中國人民銀行分支行。人民銀行分支行應按月與委托的代收機構就罰款收入的代收情況進行對賬，對未到指定代收機構繳納罰款的，應責成被處罰單位和個人繳納并加處罰款。

　　五﹑手續費的支付

　　財政部門向收取空頭支票罰款的代收機構支付代收手續費法。財政專員辦于每年終了后的20個工作日內，按上年金融機構代收空頭支票罰款實際繳入中央國庫總額的0.5%，開具收入退還書，就地從中央國庫退付給代收機構。

　　六﹑資料管理

　　有關空頭支票處罰的資料按會計檔案管理要求進行專項裝訂，保管期限五年。