國家稅務總局于2015年11月12日發布了《關于發布〈企業所得稅優惠政策事項辦理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2015年第76號），規定企業所得稅優惠事項全部實行事后備案管理。該文件的實施引起了企業所得稅管理方式的重大變革，在簡化辦稅流程、減輕納稅人負擔的同時，也對稅務機關加強后續管理提出了新的挑戰。

一是嚴格落實備案制，堅決杜絕違背文件精神變相實施行政審批現象。

在優惠備案環節只進行形式審核，包括企業備案材料是否符合規定形式、填報內容是否完整、附送資料是否齊全，企業完成備案手續即可享受優惠政策，對企業是否符合減免稅資格、證明材料是否真實有效、適用優惠政策是否正確、享受優惠金額是否正確等全部在后續管理環節進行把關。

二是強化信息監控，針對企業所得稅優惠事項有效開展減免稅專項核查。

以風險管理為導向，強化分級分類管理，結合其他企業所得稅風險事項，篩選確定疑點企業，定期采取稅收風險管理、稽查、納稅評估等后續管理方式，有針對性地進行核查。對已享受稅收優惠不符合稅法規定條件的企業，停止享受優惠并追繳稅款及滯納金，同時，列為以后年度企業所得稅優惠事項專項核查重點監控企業。

三是科學設置指標，對已享受優惠企業納稅申報數據開展分類分析排查。

根據不同優惠事項建立指向精準的風險指標，比如，享受稅收優惠金額較大、因享受減免稅優惠導致虧損、享受研發加計扣除企業研發費明細表中人員工資比例畸高、享受殘疾人工資加計扣除優惠企業殘疾人工資薪金支出占企業工資薪金支出總額比例較高、享受高新技術企業優惠企業各項優惠指標不符合標準等。