根據(jù)《關于專項用途財政性資金企業(yè)所得稅處理問題的通知》（財稅[2011]70號）一、企業(yè)從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應計入收入總額的財政性資金，凡同時符合以下條件的，可以作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：
    （一）企業(yè)能夠提供規(guī)定資金專項用途的資金撥付文件；
    （二）財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求；
    （三）企業(yè)對該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨進行核算。
    因此，符合上述條件的專利申請費用資助金才可以作為不征稅收入，不符合上述條件的專利申請費用資助金需要并入所得繳納企業(yè)所得稅。