鑒于跨地區(qū)（省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市）經(jīng)營匯總納稅企業(yè)（以下簡稱匯總納稅企業(yè)）分布地域廣，總機構和分支機構稅務機關不在同一省市，為便于企業(yè)履行備案手續(xù)，避免出現(xiàn)“看的見的管不了，管得了的看不見”等問題，《辦法》對匯總納稅企業(yè)享受優(yōu)惠政策備案問題作了如下規(guī)定：

一是分支機構享受所得減免、研發(fā)費用加計扣除、安置殘疾人員、促進就業(yè)、部分區(qū)域性稅收優(yōu)惠（西部大開發(fā)、經(jīng)濟特區(qū)、上海浦東新區(qū)、深圳前海、廣東橫琴、福建平潭），以及購置環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水、安全生產(chǎn)等專用設備投資抵免稅額優(yōu)惠，由二級分支機構向其主管稅務機關備案。其他優(yōu)惠事項由總機構統(tǒng)一備案。

二是總機構應當匯總所屬二級分支機構已備案優(yōu)惠事項，填寫《匯總納稅企業(yè)分支機構已備案優(yōu)惠事項清單》，隨同企業(yè)所得稅年度納稅申報表一并報送其主管稅務機關。

三是同一省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市內跨地區(qū)經(jīng)營的匯總納稅企業(yè)優(yōu)惠事項的備案管理，由省稅務機關確定。