各單位所需固定資產，除了外購之外，還可以充分利用自有人力、物力自行建造，即稱之為在建工程。在《企業會計制度》中為此專門設置了“在建工程”會計科目進行核算，工程支出發生時，借記“在建工程”科目，貸記“銀行存款”等科目；工程完工交付使用時，按實際工程支出借記“固定資產”科目，貸記“在建工程”科目。而在《事業單位會計制度》中未設置相應的會計科目，進行基建業務的核算。

事業單位基建會計核算游離于本單位會計核算體系之外：先由建設單位完成基本建設業務，項目竣工決算后再移交給使用單位。另設基建會計賬戶進行反映，這種分離的核算方式會導致一系列問題：

1.在單位核算體系之外，另設一套基建賬并出具相應的財務報告，既增加了核算工作量，又使單位無法形成一套完整的核算體系，影響了會計信息的完整性。

2.由于《事業單位會計制度》對基本建設業務核算沒有一個明確的規范，使其核算處于無章可循、無法可依的狀態，一些單位乘機把一些超預算、違反財經法規的支出，也在基建賬戶中列支；把一些收入存入基建賬戶，設立“小金庫”逃避納稅等。

為了加強事業單位基建業務的核算與管理，可以參照《企業會計制度》設置“在建工程”科目，核算外購需要安裝的工程、基建工程、技術改造工程等發生的實際支出，待工程完工后再結轉“固定資產”科目，這既能滿足事業單位的實際需要，又能保證事業單位會計核算體系的完整性。