根據《廈門市國稅局辦稅公開指南》，申請貨物運輸業增值稅專用發票需要準備以下資料辦理：
    （1）增值稅發票系統發票核定及調整
    稅務機關根據增值稅納稅人的申請，核定其使用增值稅發票系統開具的增值稅專用發票、貨物運輸業增值稅專用發票、增值稅普通發票及機動車銷售統一發票的票種、數量。或者按照已辦理增值稅發票核定的增值稅納稅人的申請，根據其生產經營變化情況，對其使用增值稅發票稅控系統開具的增值稅專用發票、貨物運輸業增值稅專用發票、增值稅普通發票和機動車銷售統一發票用票量調整，以及變更增值稅普通發票最高開票限額。
    一、納稅人應提供主表、份數
    《稅控發票領購及最高開票限額核定申請審批表》 2份
    二、納稅人應提供資料
    1.領購發票經辦人身份證明 ；
    2.發票專用章印模；（初次核定時提供）
    3.發票領用簿（調整時提供）
    三、稅務機關承諾時限
    提供資料完整、填寫內容準確、各項手續齊全，增值稅發票在6個工作日內辦結。
    四、辦理部門
    全市任一辦稅服務廳（全市通辦）
 
    （2）增值稅專用發票（增值稅稅控系統）最高開票限額審批及調整
    稅務機關根據增值稅一般納稅人的申請，審批其開具增值稅專用發票、貨物運輸業增值稅專用發票最高限額或者根據其生產經營變化情況，對其使用增值稅發票稅控系統開具增值稅專用發票、貨物運輸業增值稅專用發票最高限額進行調整。
    一、納稅人應提供主表、份數
    《稅控發票領購及最高開票限額核定申請審批表》，3份（初次審批3份，調整2份）
    二、納稅人應提供資料
    1、《稅務行政許可申請表》
    2、單筆銷售業務、單臺設備銷售合同及其復印件和履行合同的證明材料；
    三、稅務機關承諾時限
    報送資料齊全、填寫內容準確、各項手續齊全，在7個工作日內辦結。
    四、辦理部門
    全市任一辦稅服務廳（全市通辦）

    另申請貨物運輸業增值稅專用發票不用提供《道路貨運運輸經營許可證》。