增值稅專用發票丟失處理如下所示：

如果增值稅專用發票丟失超過90天就不能抵扣進項稅額了，可價稅合計記入庫存商品成本。

國稅發［2006］156號明確，一般納稅人丟失已開具的增值稅專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應增值稅專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；

如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應增值稅專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

一般納稅人丟失已開具增值稅專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用增值稅專用發票聯復印件留存備查；

如果丟失前未認證的，可使用增值稅專用發票聯到主管稅務機關認證，增值稅專用發票聯復印件留存備查。一般納稅人丟失已開具增值稅專用發票的發票聯，可將增值稅專用發票抵扣聯作為記賬憑證，增值稅專用發票抵扣聯復印件留存備查。