增值稅發票逾期不能抵扣的完整處理辦法如下所示：

一、發票逾期抵扣，還有機會，國家稅務總局公告2011年第50號《關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》規定：

一、對增值稅一般納稅人發生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。（提醒注意：權限是國家稅務總局）增值稅一般納稅人由于除本公告第二條規定以外的其他原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，仍應按照增值稅扣稅憑證抵扣 期限有關規定執行。

二、客觀原因包括如下類型：

（一）因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；

（二）增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期；

（三）有關司法、行政機關在辦理業 務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統、網絡故障，未能及時處理納稅人網上認證數據等導致增值稅扣稅憑證逾期；

（四）買賣雙方因經濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，注銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期；

（五）由于企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期；（大白菜 提醒：這一條是企業的救命稻草）

（六）國家稅務總局規定的其他情形。

三、增值稅一般納稅人因客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，可按照本公告附件《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法的規定，申請辦理逾期抵扣手續。

評論：這是國家稅務總局非常人性化的一個規定，雖然程序在實際運作時相當麻煩，但總算給納稅人了一個改正的機會！

二、收到國家稅務總局的批復以后，如何操作呢？

首先我們在納稅申報表的表二《進項稅明細》里錄入批復允許抵扣的逾期進項稅，其中的35行就包括了逾期抵扣的2份發票和1份當期的正常認證發票

但是抄稅時會出現這樣的提示：提醒比對通不過！與遠程認證系統的數據不符！

怎么辦？ 處理方法：讓稅局從后臺， 辦理強行比對通過就可以 了！