根據《國家稅務總局關于小微企業免征增值稅和營業稅有關問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第57號，以下簡稱57號公告）規定，增值稅小規模納稅人和營業稅納稅人，月銷售額或營業額不超過3萬元（按季度申報為9萬元）的，免征增值稅或營業稅。如果增值稅小規模納稅人在稅務機關代開增值稅專用發票，該如何享受小微企業免征增值稅的政策，以下分三種情況以案例的形式進行說明。

例一：某增值稅小規模納稅人，按季度申報增值稅。某季度在稅務機關代開增值稅專用發票，不含稅銷售額1萬元，代開時即繳納增值稅0.03萬元。除此之外，通過稅控器開具的增值稅普通發票，不含稅金額7萬，增值稅額0.21萬。

該季度不含稅銷售額為1+7=8萬，不超過9萬元，因此可以享受免征增值稅的優惠政策。通過稅控器開具的普通發票銷售額7萬元，可以享受免增值稅政策。代開的增值稅專用發票已經繳納的增值稅，不能享受免稅政策。該季度合計繳納增值稅0.03萬元。

例二：某增值稅小規模納稅人，按季度申報增值稅。某季度在稅務機關代開增值稅專用發票不含稅銷售額1萬元，代開時即繳納增值稅0.03萬元。除此之外，通過稅控器開具的增值稅普通發票，不含稅金額8.5萬元，增值稅額0.255萬元。

該季度不含稅銷售額為1+8.5=9.5萬元，不能享受優惠政策，其中的代開發票1萬元，增值稅額0.03萬元在代開時已經納稅。稅控器開具的普通發票8.5萬元，應繳納增值稅0.255萬元，該季度合計應繳納增值稅為0.03+0.255=0.285萬元。

例三：某增值稅小規模納稅人，按季度申報增值稅。某季度在稅務機關代開增值稅專用發票不含稅銷售額1萬元，代開時即繳納增值稅0.03萬元。除此之外，通過稅控器開具的增值稅普通發票，不含稅金額8.5萬元，增值稅額0.255萬元。代開的增值稅專用發票因某種原因作廢，發票尚未交付受票方。

根據57號公告規定，增值稅小規模納稅人月銷售額不超過3萬元（按季納稅9萬元）的，當期因代開增值稅專用發票（含貨物運輸業增值稅專用發票）已經繳納的稅款，在專用發票全部聯次追回或者按規定開具紅字專用發票后，可以向主管稅務機關申請退還。

因此，代開的增值稅專用發票尚未交付受票方，在代開稅務機關進行作廢處理，因此已經繳納的增值稅額0.03萬元可以申請退還。在實務中，鑒于退稅的手續較為復雜，有的地區稅務機關可能將應退稅額做抵減處理，這個要注意各地不同的處理方式。

同時，因為代開的增值稅專用發票作廢，因此本季度不含稅銷售額變為8.5萬元，符合小微企業免增值稅的政策，因此，該季度應納增值稅額為0.

總結：

1、代開增值稅專用發票的不含稅銷售額，需要參與到小微企業是否超過免增值稅的限額內；

2、即使當期全部銷售額符合小微企業免增值稅的限額，但代開的增值稅專用發票仍然需要納稅；

3、代開的增值稅專用發票全部聯次追回或者按規定開具紅字專用發票后，可以向主管稅務機關申請退還。